お気に入りに表示されるアイコンをカスタマイズするを読んでいて気づいた事です。
アイコンの走査ならびにダウンロードは、お気に入りに追加する際のみに発生し、お気に入り追加後にアクセスを行っても発生しません。
つまり、favicon を指定しておけば自分のサイトが誰かのお気に入りに入れられた事を知る事ができるのではないでしょうか。Mozilla は通常のアクセスをしただけでも favicon を取得しているようですが、少なくとも IE はお気に入りに入れる時のみ favicon を取得します。そのアクセスが記録されたサーバのログを解析して、UA でフィルタリングをかければそれなりに意味のあるデータが取得できるように思います。
さらに、次のようにページごとに違う favicon のパスを指定すればどのページがお気に入りに入れられたかも分かりそうです。
<link rel="shortcut icon" href="/iconfile/foo.ico?page=abc">
お気に入りに追加した事を知られたところで何ら問題ありませんが、これを嫌う人もいるでしょう。